達文西的傑作《最後的晚餐》，是一幅描寫了基督教的耶穌和十二位門徒（十二使徒）在逾越節夜晚一起享用最後一次晚餐情形的壁畫。耶穌不但多次行神蹟，更簡明易懂地教導如何進入神的國度，因此博得廣大群眾的歡迎。
不過也因為如此，引起了猶太社會的權威―猶太教的祭司和律法師的反感。在這樣的背景下，為了過逾越節而進入耶路撒冷城的耶穌雖預見自己將被敵對者釘上十字架，仍和門徒一起吃飯。
席間耶穌說：「你們中間有一個人要出賣我。」，令門徒大吃一驚。達文西的作品描寫了聽到這句話後，驚訝、慌張、驚慌失措而議論紛紛的門徒，每個人豐富的表情、姿勢至今都栩栩如生，看得出來是完美主義者達文西自行解釋各位門徒的個性並進行繪製，堪稱是其深思熟慮的結果。
此外，達文西在這幅《最後的晚餐》中使用大膽又嶄新的構圖，也得到很高的評價。以《最後的晚餐》為主題的繪畫，其構圖通常是將門徒排成一排，只有猶大坐在桌子的另一邊，這已經變成固定形式。而在這幅畫中，猶大是畫面左邊數來第五位，和其他門徒處於相同的地位。除此之外，達文西將耶穌放在正中央，十二位門徒則三人一組，左右對稱地配置。透過這樣的安排，不但使畫面和諧，也成功地表現了門徒之間衝擊擴散的情形。
美中不足的是達文西採用的畫法在保存上造成問題。通常描繪壁畫時會使用濕壁畫的技法，在半乾的灰泥上上色，但顏料固定以後就無法修正，達文西不喜歡這一點，所以採用了畫在木板上的蛋彩技法。可惜這項技法不適合保存，完成後沒多久顏料就開始剝落。
之後經過不斷修復、加工，結果原作幾乎都看不見了，到了現代，運用現今所有的最新技術修復，終於在二十世紀末恢復了當時的原貌。修復結束時，突然掀起一陣尋找畫中隱藏暗號的熱潮。
近幾年的話題則是耶穌左邊的人物不是十二使徒中的約翰，而是跟隨耶穌的女門徒抹大拉的瑪利亞。在丹布朗寫的《達文西密碼》中，更推理指出耶穌和她結婚。
畫中隱藏的讚美詩
到了二○○七年，義大利音樂家喬凡尼．馬力亞．帕拉（Giovanni Maria Pala）發表了令人訝異的事實：畫面中隱藏了音符般的祕密暗號。其實因為達文西也是位音樂家，過去就曾有人指出這幅畫可能暗藏了樂譜的暗號。
帕拉使用電腦，在恢復原貌的畫面疊上五線譜，結果令人驚訝地浮現了樂譜。
到底樂譜在哪裡，又隱藏了什麼暗號呢？
再一次來看看這幅畫。畫成橫向的餐桌橫越畫面，請看排列其上的門徒之手和桌上麵包。帕拉認為耶穌左右兩邊的門徒之手和桌上麵包位置是「音符」，由右往左套上五線譜並將之視為音符來看的話，竟然能演奏出約四十秒的「讚美詩」樂。
被他這麼一說，手和麵包的位置的確看起來像音符般，被放在上下左右各種位置。
《最後的晚餐》和讚美詩，可說是無比的絕配。新約聖經馬太福音中也提到在最後的晚餐之後「他們唱了詩，就出來往橄欖山去（26章30節）」。
帕拉評論他自己發現的這段短短的旋律是「強調耶穌受難的原聲帶」，但也有異議認為無法斷定達文西安排了這樣的機關。這是否是新的「達文西密碼」，需要今後更進一步的研究。
